Un gran número de especies de bacterias comensales y patogénicas residen en el tracto gastrointestinal de aves y cerdos. Las bacterias patogénicas pueden ocasionar enfermedad, morbilidad y mortalidad. Cada uno de estos patógenos tiende a colonizar una parte diferente del tracto gastrointestinal, lo que generalmente se asocia a una determinada edad y tipo de animal